琼斯妈妈插图； 盖蒂
美国面临着资金用于抗击新冠病毒的风险。 白宫上个月警告说，如果没有国会的额外资金，该国将立即面临后果。 此外，不可能为所有美国人提供免费的加强剂量。 医疗提供者不会因治疗、测试或接种未保险患者而获得报销。 而且联邦政府将没有足够的现金来购买新的治疗方法，如单克隆抗体或口服抗病毒药丸。
围绕这场可能发生的危机，媒体的大部分注意力都集中在这些直接影响上——我们已经开始感受到其中的一些影响。 但专家说，也许同样令人担忧的是，缺乏资金可能会阻碍我们监控可能发生的情况的能力。 未来 Covid爆发。 正如我在 12 月所写的那样，美国设法在 2021 年期间大规模扩大了其基因组监测工作——即我们用于追踪新变异的系统，这在很大程度上是由于联邦基金的增加，大约20亿美元。 在这一年中，该国的实验室从每周对数千个基因组进行测序，到 11 月下旬每周对近 10 万个基因组进行测序。 尽管此后 Covid 病例急剧下降，但该国仍每周对数万个样本进行测序——这是一项至关重要的工作，使科学家能够监测哪些变体在该国流通。
但是，专家说，如果额外的资金消失，那么大量的数据也会消失，让我们没有准备好检测和应对病毒的演变。 在 3 月 15 日给国会的一封信中，拜登政府官员表示，基因组监测工作可能处于停滞状态。 信中说：“由于执行充分监视的能力下降，该国将很容易被未来的变种’蒙蔽’。” 它写道，政府将被迫“放松”其监视计划，“使我们无法检测到下一个变种。” 更糟糕的是，迄今为止，英国和丹麦在变体追踪工作方面一直处于世界领先地位，并已向美国和其他国家发出了某种预警信号，但它们也在削减他们的项目，引发了来自健康专家。
有迹象表明国会开始倾听：本周，参议院公布了一项 100 亿美元的新冠病毒援助法案——不到白宫最初要求的一半——以继续测试、分发疫苗和购买治疗药物。 但目前尚不清楚如果获得通过，这笔资金中有多少将专门用于基因组监测工作，以及 Covid 现金将持续多长时间。 该法案仍需克服参议院的重大政治障碍并获得众议院的批准。 （白宫和疾控中心没有立即回应就法案细节置评的请求。）
由于资金悬而未决，我联系了内布拉斯加大学医学中心公共卫生学院的基因组流行病学家 Joseph Fauver，他正在与该州合作追踪变异，以更好地了解缺乏什么来自国会的资金可能意味着 Covid 监控。 这可能是“一个巨大的问题”，他立即回复了电子邮件。 以下是我们本周早些时候的电话交谈的一个经过轻微编辑和精简的版本。
你在电子邮件中说，如果联邦用于基因组监测的资金用完，那可能是个大问题。 你能解释一下你的意思吗？
从广义上讲，它是如此短视。 有时候你会问自己， 我们在这里什么都没学到吗？ 在我看来，由于许多不同的原因，这场流行病显然影响深远，造成了如此严重的破坏。 但是，刚刚完全改变大流行轨迹的事情是令人担忧的变种。 我们发现关注变异的方式是通过测序和进行常规基因组监测。
我觉得这些方法的效用是毋庸置疑的。 在这一点上，这应该只是标准做法。 当然，测序的规模可能会有所不同。 您可以按比例放大和缩小，如果需要，可以针对特定区域。 但没有大规模的联邦政府支持向前推进基因组监测似乎是一个非常糟糕的主意。
当我就 Covid 进行讲座时，我经常放一张美国的 Epi 曲线图，以及随时间推移的案例。 当我们开发出非常有效的疫苗时，你可以画一条虚线。 案件数量大幅增加 后 该国大部分地区都接种了疫苗，但实际上没有任何意义——除非你了解变种。 我们知道那里有什么，并可能试图尽快找到下一个可能的唯一原因，是通过一种强大的常规基因组监测方法。
我看到英国计划缩减许多 SARS-Cov-2 基因组计划。 它们一直是世界的黄金标准。 因此，从多个不同的方面听到这一点是令人担忧的。 他们确定了第一个受关注的变体，并建立了这个令人难以置信的基础设施，将变体与不同的流行病学和临床结果联系起来。 因此，这些工具提供了大量关于事物为何如此的信息。 而且，如果他们要离开，那么我们在前进的过程中将不那么了解情况是有道理的。
为什么研究人员知道我们正在处理哪些变体很有用？ 他们可以用这些信息做什么？
它使我们能够研究它们并了解它们。 对于像 Omicron 这样的东西，当它在南部非洲首次被发现时，你可以看看尖峰基因中的突变谱，然后说，“哦，这可能会非常具有免疫侵袭性”，因为它有类似的突变关注其他变体。 我们已经到了可以说的地步，基于病毒的突变特征，我们或许能够理解它的一些东西。
现在，在大多数情况下，一切都是 Omicron。 如果我们看到其他东西的一点信号怎么办？ 这告诉我们什么？ 如果在世界的某些地方或该国的某些地方，我们看到不是 Omicron 的东西的病例增加，那将需要立即调查。
疫苗研发怎么样？ 基因组监测能否帮助我们构建变异特异性疫苗？
绝对地。 您无法在其他任何地方获得该信息。 当第一个 SARS-Cov-2 基因组被测序并公开提供时，这就是疫苗开发的开始，因为我们知道那个序列是什么。
我不会断言十年后 SARS-CoV-2 的演变会是什么样子，但我肯定想知道发生了什么。 病毒发生了如此多的转变，以至于包括我自己在内的许多人都没有预料到。 我永远不会想到像 Omicron 这样的东西会问世。 BA.2 变体具有令人难以置信的传播性。 但我们知道它是什么以及它有何不同的原因是基因组学。 所以我认为是的，在短期内，我们现在正处于一个十字路口，病例很少。 但我认为我们需要继续这样做，我认为，即使是从现在开始的几十年。 我们不会根除 SARS-Cov-2。 在可预见的未来，我们应该关注病毒的演变。
白宫还表示，如果没有更多资金，美国将无法维持目前的 测试 水平。 如果发生这种情况，这对基因组监测意味着什么？
肯定有直接关系。 另一件事是家庭测试的兴起以及基因组监测计划的情况。 因为通常情况下，即使是州和地方卫生部门也不会向家庭测试报告，更不用说找到通往测序机构的路了。 所以我认为这些都是需要跨越的桥梁，需要制定解决方案。 但解决方案不能是我们不打算做其中任何一个。 这只是个坏主意。
如果可用于追踪变异的资金减少，研究人员有没有办法在我们的抽样工作中更高效、更灵活？ 例如，南非， 纽约时报 据报道，该公司通过随机抽样全国各省，成功地以较低的预算开展了强有力的监测工作。 我们可以在这里做吗？
CDC，他们已经做了一个版本。 他们在这方面做得非常出色。 他们收集 [hundreds of] 每周从每个州采样并对其进行排序以获得该地理覆盖范围。 我希望这种情况会继续发生。
如果有的话，什么时候是考虑缩减基因组监测的合适时机？ 我们每周对数以万计的冠状病毒样本进行测序。 从现在起 10 年后，这仍然是必要的吗？
我认为重要的是保持灵活性和基础设施。 我显然有偏见，因为这是我所做的工作。 但我认为它应该扩大，我认为我们需要在其他传染病中研究这些东西。 对于 SARS-Cov-2，它是一个非常有价值的工具。 它的信息量如此之大，以至于它应该只是我们经常做的事情。
现在是规模——当然，我们需要灵活。 目前国内病例不多。 这是否意味着现在我们需要对所有内容进行排序？ 还是我们应该始终将目标定为 10% [of all positive samples]? 我不知道。 但我知道，我们需要拥有基础设施和专业知识来根据需要进行扩展。
我不知道一年后、五年后、十年后大流行会是什么样子。 但我们知道 SARS-Cov-2 长期存在。 并且能够以专家认为必要的任何能力密切关注其演变，我认为这是重要的收获和重要的事情。
Source: www.motherjones.com
